Okulumuz 4+4+4 Eğitim sisteminin hayata geçirilmesi ile birlikte 2012-2013 Eğitim Öğretim yılında İmam Hatip Lisesinin 1.Katında  Resmiye Mehmet Karaöz İmam Hatip Ortaokulu adı altında açıldı. 2013-2014 Eğitim-Öğretim yılında okulumuz geçici olarak Namık Kemal Ortaokulunun ek binasına taşındı, Okul müdürü olarak da Murat ÇOLAK göreve getirildi, 09.02.2015 tarihinde okulumuz Çanakkale Parkı üzerindeki yeni binasına taşınmış olup Eğitim-Öğretimine yeni binasında devam etmektedir. 2014-2015 Eğitim öğretim yılına kadar okul müdürlüğünü Mustafa KELEŞ yürütmüştür. 2014-2015 eğitim öğretim yılında okul müdürlüğü görevine Hayrettin BAYKUŞ getirilmiştir ve halen görevine devam etmektedir. 2016-2017 eğitim öğretim yılında Kız öğrencilerimiz yeni açılan Kız İmam-Hatip ortaokuluna geçmişlerdir ve okulumuzun adı Merzifon İmam-Hatip ortaokulu olarak değiştirilmiştir. 2018-2019 eğitim-öğretim yılı sonunda okulumuzun adı bir kez daha degiştirilerik Merzifon Şehit Kubilay Er İmam-Hatip Ortaokulu adını almıştır.